C'est une maladie classique chez le cerisier. Suivant ce que vous dites il s'agit soit de la maladie de la rouille, soit de la maladie du corynéum ou encore la cylindrosporiose.
D'après votre description, il doit s'agir plus précisément de la rouille mais pour être sûr à 100%, une bonne photo est toujours appréciée. 
Ceci dit, un traitement avec un produit polyvalent pour arbre fruitier doit être pulvérisé. Ce produit combat plusieurs maladies.
